在去边疆工作之前和1962年迄今，彭加木同志在酶、纤维状蛋白与畜牧业有关的病毒方面，发表过八篇学术论文，还有一篇即将整理就绪。其中，由他负责进行的五篇，参加进行的四篇；在参加的工作中，有些技术关键也主要是由他解决的。九篇论文，不能算多，可也不能算少。如果考虑到这些成果都是在开闢研究基地、建立技术系统、进行综合考察、同恶性肿瘤作斗争的情况下，六出玉门、两下海南的间歇中获得的，就知道产量是很可观了。和他经常接触的同事和朋友，有人没有从这个角度来认识彭加木同志。是不是论文不够水平，以致无人注意呢？上述的例子和国外杂志对有些成果的援引，国内有关单位看到文章后写信要求交流协作等等，都说明不是如此。对彭加木同志来说，论文只是从事科学工作的一小部分；论文，从未限制过他的见解，也不是什么工作动力。他的动力是全心全意为党为人民工作。
不久，彭加木被选为第三届全国人民代表大会代表。在出席大会时，他又被选入会议主席团。
1965年1月3日，他在会议期间见到了毛泽东主席，紧握着毛主席的手，激动得说不出话来。他还见到了周恩来总理和邓颖超同志。周总理关切地握着他的手，嘱咐他：“要注意身体，好好工作。”
在会议期间，当时任广东省委书记的陶铸见到彭加木，很热情地邀请他到故乡广东来协助解决柑橘黄龙病害问题。
1965年4月9日，柯庆施病逝。彭加木发表了《牢记柯庆施同志的教导，“一心为公，不怕牺牲”》，表达对柯庆施的怀念：
今年春节，我在广州过年。初一那天，参加中南局组织的团拜，看见我们全党和全国人民爱戴的柯庆施同志。谁想到，4月10日上午，突然传来柯庆施同志逝世的噩耗。我心情十分沉重。
柯庆施同志对我的亲切教诲，我终生不会忘记。去年2月里，他在百忙之中，还写给我一封信，鼓励我全心全意把自己的青春和自己的生命贡献给党的事业。其实，柯庆施同志身体力行，他的一心为公，不怕牺牲的崇高革命精神，正是我们学习的光辉榜样。他的教导一直鼓舞着我，他写的那封信，我一直珍贵地保存着，我把它抄在笔记本上，出差时，带在身边，时时温习他的亲切教导。
去年，我绝大部分时间都在外地，6月到11月在新疆，以后回来了一星期，即去南方。这样的走南闯北，虽然工作和生活比较艰苦，但是柯庆施同志的革命精神，给了我无穷的力量和信心，使我克服了工作上的困难，身体也得到了锻鍊。
我在新疆，大多数时间在野外搞盐湖的考察工作，有时要爬上海拔4千米的高山，但是，我觉得精神比以前好，没有很大的反应，既不呕吐，也不头晕。有时我们到深山密林去考察，从早到晚骑着马，腰也酸，脚也麻。而下马步行，遍161地是“盐壳”，戳得脚底痛，更是寸步难行。这时候，是柯庆施同志的一心为公、不怕牺牲的教导激励着我，去排除万难，坚持到胜利完成任务。
4月13日上午，我在北京公祭大会的灵堂前，对着敬爱的柯庆施同志的遗像，心里有多少话要讲呀！敬爱的柯庆施同志，我们一定要继承你的遗志，学习你对党对人民无限忠诚的高贵品质，学习你艰苦朴素、联繫群众的优良作风。坚决做一个一心为公、不怕牺牲的革命战士。
正当彭加木受到党和人民的表彰，准备在科学上大干一场的时候，他却遭到了第二次沉重的打击……
第七章 风暴
◆两颗“重磅炸弹”
1966年，一场“史无前例”的风暴席捲中国大地，一场“史无前例”的浩劫开始了。这场风暴的最大特点，可以用“颠倒”两字来概括：人颠倒为妖，妖又颠倒为人；白颠倒为黑，黑则颠倒为白；真颠倒为假，假颠倒为真；善颠倒为恶，恶却颠倒为善；美颠倒为丑，丑反而颠倒为美……
在风暴刚刚掀起的时候，那“横扫一切”的“铁扫帚”，便扫到彭加木头上了！
在上海生物化学研究所的大院里，出现一张话虽不多，“质量”却高的大字报。这张大字报一下子击中了彭加木的“要害”。它揭发：
彭加木说：“‘毛泽东思想是当代最高最活的马克思列宁主义，是当代马克思列宁主义的顶峰’，这句话不对，不能这么提。马列主义是不断发展的，毛泽东思想也是不断发展的。到顶了，就不能发展了。我认为，不能提‘顶峰’。”
有人本来就想搞彭加木的，认为他是“标兵”，搞他影响大。然而，罗织了许多罪状，都未击中“要害”。自从这张大字报贴出来之后，一下子轰动了，被称为“爆炸了一颗重磅炸弹”！策划者得意洋洋地说：“揭发的材料不大多，在于有分量！”
“毛泽东思想是当代最高最活的马克思列宁主义，是当代马克思列宁主义的顶峰”，这是谁的话？这是当时不可一世的“大人物”林彪的话，是赫然写在《毛主席语录》“再版前言”中的话。彭加木敢于反对林彪，真可谓是“冒天下之大不韪”！
于是，大字报铺天盖地而来。“彭加木反对毛泽东思想，罪该万死”之类的标题，比比皆是。彭加木，成了“全党共诛之，全国共讨之”的对象。彭加木，成了“黑标兵”！彭加木，犯了“疯狂攻击毛泽东思想”的“滔天大罪”！