本会的宗旨……是要鼓励在中国人之间行医，并将赐予我们的科学、病例调查和不断鼓舞我们的发明等有益的知识提供一部分给他们分享……我们希望，我们的努力将有助于推倒偏见和长期以来所抱的民族情绪的隔墙，并以此教育中国人，他们所歧视的人们是有能力和愿意成为他们的恩人的……我们称呼我们是一个传教会，因为我们确信它一定会推进传教事业……利用这样的一个代理机构，就可铺更高处的道路，赢得中国人的信任和尊重，它有助于把我们同中国的贸易及其一切来往置于更嚮往得到的地位上，也可为输入科学和宗教打开通道。（《中国丛报》1838年5月）


    1840年，第一次鸦片战争以中华帝国的失败结束，这是外国势力依靠大炮打开中华帝国大门的一年。从此，外国传教士在中国的传教活动又一次公开并且合法化了，因为，标志着战争结束的条约中明确写有这样一条：允许外国传教士在中国内地自由传教。


    据说，这一条本来是“允许外国传教士在开放口岸自由传教”，但是，形成正式文本的时候，中国官员们发现“开放口岸”改成了“中国内地”。这是翻译人员做的手脚，在和洋人谈判的时候，在帝国官员和洋人之间担任翻译的都是传教士——也只能是传教士。


    来到中国执行“上帝旨意”的外国传教士们把在这块土地上传教的种种困难都想到了，但是，他们忽略了一个最重要的现实：绝大部分中国人在他们生存的深层意识中根本不需要耶稣和天主。西方的宗教与中国的文化传统和思维定势风马牛不相及。更令中国人气愤的是，在外国洋枪洋炮林立中国海岸的背景下，对中国道德伦理一知半解的外国传教士，在中国内地的地方事务中逐渐拥有了相当的特权：他们不受中国法律的约束，享有“治外法权”和“领事裁判权”；他们在中国土地上触犯了法律，只有他们的“领事”才有权“按照他们的法律”进行处理。对中国国情不甚了解的外国传教士很快就学会了中国的等级制度，他们和帝国的官员一样也分成若干等级，开始与帝国的官员们平起平坐。教会中的主教官职相当帝国中的一品大员，与总督和巡抚平级；副主教与帝国的司、道平级，神父和牧师与帝国的知府、知县平级。这样，教会实际上成为并列于帝国各级政权权力机构的另一个“政府”。中国百姓即使见了知县这样的地方小官也要跪下磕头，而自从有了传教士，中国百姓见了外国传教士和他们的妻子，同样也要磕头，因为主教或者神甫的妻子按照“级别”规定是一品大员和一品夫人，同样坐的是中国轿夫抬的轿子。


    有特权的传教士们大量地插手帝国地方事物的管理，干涉法律的实施，包揽官司的判别，利用特权强行霸占土地……教会如此蛮横，那么，入了西方教会的中国教民们便不再是普普通通的中国人了。于是，从那时起，中国史书上开始频繁地出现一个血淋淋的词彙：教案。


    第一次鸦片战争刚刚结束，帝国内的教案就发生了，起因是英国传教士违反“不得越界活动”的约定，跑到江苏去传教去了，结果在渡河的时候，与中国漕船的水手发生冲突，被当地的帝国官员护送回教堂。这本来是一件小事，但是，英方抓住机会大做文章，要求必须“惩办凶手”，如果帝国政府不答应，就“不惜发动一场战争”——英国军舰奉命扣留了1400艘中国商船。结果，帝国政府妥协，将江苏地方官员“革职”，漕船上的10名中国水手“枷号示众”，其中两名“主犯”被判以流放。


    第二次鸦片战争战败的屈辱使中国普通民众与西方教会之间的矛盾更加激化，以致全国各地酿成数起大规模的“教案”：贵州的一个法国传教士以及八个中国教徒被杀；广西桂平的非教徒与教徒发生冲突，中国人将教堂烧毁；重庆因传教士强占土地修建教堂，结果全市商人罢市，学生罢考，美、英、法教堂洋房被烧毁；山西的一个传教士不允许当地教民出资参加演戏酬神活动，破坏了当地的传统习俗，结果导致大规模的冲突，山西巡抚给皇上的奏摺中说：“奉教者依持教众，欺负良民。而不奉教者亦轻视教民，不肯相下。”扬州的一家外国传教士办的育婴堂发生大批中国婴儿死亡的事件，导致万名中国百姓围攻教堂，他们对传教士的痛恨几近不共戴天。


    发生于1870年的“天津教案”引发的后果最为严重。起因是天津发生一起诱拐儿童事件，牵扯到法国教堂。当地传说外国传教士残害中国儿童，把中国婴儿“剜眼掏心”，制成药材，甚至传说教堂里有整整一罈子儿童的眼睛。在双方各执一词的争辩中，外国人开枪打伤了中国群众，结果大批中国人拥入教堂，杀死20多名外国人，烧毁多处洋人住所。其实，关于传教士用中国婴儿制造药材的说法纯属流言，而一些中国的地痞流氓入了洋教后恃洋人为后台为非作歹伤害平民的事实是真。“天津教案”的结局依旧是帝国官方的妥协：15名中国人被处以死刑，21人充军，天津知府、知县等官员被发配黑龙江，帝国政府赔偿外国人白银46万两。