不过，彭加木的“专案”，来头颇大。既然把他进行隔离审查是“上面”批的，那么，撤销他的隔离审查，也是经过“上面”批的。
所谓“上面”，就是王洪文。他对关于彭加木的审查报告，作了如下“指示”：
“解除隔离，送干校劳动，继续审查，内部控制使用。”
在全院大会上，宣读了王洪文的“指示”。不过，只是最后“内部控制使用”六个字没有宣读。
1970年3月，彭加木终于获释，回到家里。那时，夏叔芳已经解除了隔离审查。多时不见，当彭加木出现在夏叔芳面前，使她深为震惊：他因为好久不见阳光，脸色苍白，双眼呆滞无光，鬍子很长（在隔离室里，刮鬍刀片被拿走了，怕他自杀），人消瘦无力。
当天，彭加木就被送往设在上海郊区奉贤县的上海科技“五七干校”。
◆又遭“猛轰”
一般的科技人员在“五七干校”经过为期半年的轮训，便回上海了。彭加木在那里却度过了三年岁月。
这所“五七干校”面临杭州湾，建在一片盐硷荒滩上。这里离上海100多公里，每月集中休假四天，让学员们回上海。
彭加木离开了隔离室，像鸟儿飞出了樊笼。然而，15个月的隔离生活，使他的身体变得非常虚弱。那时，他连晒太阳的权利都被剥夺了，只好在监视人员不注意的时候，做做体操，或者练练下蹲。初到干校，他手无缚鸡之力，干起活来比普通的女同志还不如！
彭加木开始每天跑步，加强锻鍊，拼命干活，以恢复体力。渐渐地，他的体力增强了，以致能够一手夹起一袋100公斤的水泥，疾步如飞。
好景不长。不久，开始清查“5.16分子”，一查，又查到彭加木头上。大字报又开始围攻彭加木。这时，他们用一个崭新的名词称呼彭加木——“双料反革命”。
何谓“双料反革命”呢？
因为彭加木本是“老反革命”、“老特务”，如今旧帐未清，又欠新帐，成为“5.16分子”、“现行反革命”，于是，新帐、老帐一起算，成为“历史加现行”的“双料反革命”。
唉，那时候人们的创造力，不是用在科学研究工作中，却花费在大字报上，花费在数不清、没个完的政治运动中。彭加木的命运，真是多劫多难。
其实，彭加木被指责为“5.16分子”的依据，只不过是因为他当分院革筹会头头的时候，在社会上参加过几次会议，据说与会者中有“5.16分子”。尽管会议的内容与“5.16分子”活动无关，但是，“专案”人员便按照如此逻辑加以推理了：
彭加木与“5.16分子”有联繫→“5.16分子”与会的会议当然是“黑会”→彭加木参加了“5.16分子”的“黑会”→彭加木是“5.16分子”
经过大字报的一阵“猛轰”，并没有在彭加木身上打开缺口。
随着时间的推移，清查“5.16分子”的高潮过去了。对彭加木的审查，又是不了了之。所谓“历史加现行”，都查无实据。
彭加木埋头在劳动之中。对他的审查稍一放松，他又去长跑、游泳。一个月难得回家四天，他却没有待在家中，而是骑着他那辆破自行车去旅行了。他骑车到苏州，到杭州。尽管自行车已经“老掉牙”了，由于彭加木总是随车带着修理工具，所以即使作长途旅行，也未在半途之中抛锚——哪儿坏了，自己动手修一下，几分钟之后，又骑着车前进了。
有人以为，大约彭加木长期住在干校，心境不好，想乘休假之际，外出旅游一番，散散心。
万万没想到，从彭加木嘴里，蹦出了这么一句话：“我在锻鍊身体，我要为重上边疆做准备！”
“啊，你还想去边疆？”人们都以为他为被打成“老特务”、去边疆被说成“搜集情报”而寒心，谁知他的心里还在念叨着边疆。
彭加木点点头：“我还想去边疆！”
就这样，彭加木差不多每次休假，都骑车旅行。
如果颳风，他逆风而骑，笑着说：“阻力越大，我越要前进。这叫‘风游’。
“如果下雨，他更高兴，称之为‘雨游’。
“如果下雪，他最高兴，称之为难得的‘雪游’。”
◆吡啶中毒
直到1972年，彭加木离开了干校，回到了上海生物化学研究所。
不过，彭加木并没有回到实验室，却被分配去做煤渣砖。那时候，上海流行把煤渣与泥拌在一起，做成煤渣砖。这种煤渣砖作为燃料烧过之后，泥变成了砖，可供砌墙之用。
彭加木做了一阵子煤渣砖，又被分配去蒸馏吡啶。吡啶是一种常用的有机化学试剂，有毒。彭加木在一间小小的不通风的房间里，整天蒸馏吡啶。本来，这项工作是由好多人轮流做的，此时硬要他独力承担。他的脸浮肿了，开始剧烈地咳嗽。
后来，让他和另一个“牛”轮流，一星期做煤渣砖，一星期蒸馏吡啶。
浓烈的吡啶蒸气，使彭加木咳嗽得越来越厉害，牙龈出血，四肢无力，食欲不振。他发烧了，依旧去上班。他没有去医院看病，除了他本来不大愿意上医院之外，还由于他的病历卡上盖着一个“黑章”。这“黑章”，表示患者是“牛”，提醒医生“千万不要忘记阶级斗争”。