在捉住鰲拜之后，康熙立即宣布了他的十三大罪状，并组织人审判鰲拜，把鰲拜集团的首恶分子也一网打尽。大臣们认为，鰲拜专横跋扈，擅杀无辜，罪行累累，应该处死。但康熙帝对鰲拜做出宽大处理，免于处死，终身监禁；对遏必隆仅革太师，后还公爵。不久，鰲拜死于狱中。
这样处理，不仅一举清除鰲拜及其同党，而且稳住了镶黄旗。当时，康熙帝年仅14岁，而部署周密，沉着机智，处理得当，不失分寸，初露其胸怀谋略、临机果决的政治家风范。
此后，康熙又为受鰲拜迫害和打击的人平反昭雪，发还了被鰲拜霸占的民田，又限制了奴僕制度，改革了政府机构。康熙真是“三年不鸣，一鸣惊人”，他这些雷厉风行的重大举措，使得一些反应慢的大臣简直有目瞪口呆之感，但他们很快就缓过神来，觉得康熙实在是一位英明的君主。群臣都不敢再把他当小孩子对待了，康熙也从此集中了权力，建立了威信。
康熙在从七岁到十六岁这段时间中虽然因鰲拜专权而备受牵制和压抑，但他的少年生活基本上还是自由和正常的。也许是满族人刚刚入关的缘故，他们还没有汉人皇族那样严格的礼教观念，也不按汉人那样严格地照规矩去生活，所以，康熙在少年时代还可以像一般人家的子弟一样在身心两方面得到较为正常的发展，而不像以前的许多皇帝在童年、少年时代就造成了有一定畸形倾向的性格。
据说，努尔哈赤及其许多儿子都目不识丁，只有第八子皇太极略通文墨，可见，满族人重武轻文，到康熙这一代，仍无多少礼教观念。然而，康熙毕竟生活在汉人地区，汉族的文化开始渗透到满族的贵族之中，再加上满族人从皇太极开始就十分重视汉族的文化，因此，康熙自幼年起就开始大量接触中国的文化典籍了。
况且康熙本人也是一个爱读书、爱思考的人，对于中国传统文化的学习，他是发自内心，是主动的，而不是像前代的许多皇帝那样成天被人“谆谆教诲”被动地接受的，因此，康熙的努力学习，并未对他健全的性格产生不良的影响，相反，增长了他的见识，开阔了他的视野，他是一个真正善于读书而又能用书的人，甚至可以这样说，康熙之所以成为一位英明的君主，其根本原因就在于他能活学活用中国的传统文化。
在剷除鰲拜之后，康熙又面临着一个十分棘手的问题——历法之争。
在顺治时期，西方的传教士就进入了中国，汤若望等一批人还受到了特殊的优待。在这一时期，汤若望用西方较为先进的算法推算出了一部天文历法，顺治把他封为“通玄法师”，并任钦天监监正（国家天文台台长）。这套历法在当时是较为准确的，但有一个叫杨光先的人投靠鰲拜，上书清廷，说汤若望在《时宪历》的封面上印上了“依西洋新法”字样，是要清朝屈服西方，是“阴行邪教”，如果废了黄帝以来的中国天文历法，那就要把尧舜以来的礼仪制度都要废掉。杨光先的理论在今天看来十分荒唐可笑，不会有人理他，但在当时却是一种很厉害的理论。在鰲拜的支持下，杨光先出任钦天监监正，朝廷的许多大臣也都主张废除洋法，用中国的旧历法。礼部、刑部还做出了决定，杀了一批主张用洋历法的大臣。亏了太后的保护，汤若望才免于一死。但从此朝廷形成了两个历法派。
康熙本人对历法了无研究，不能做出决断，但他知道不能用祖宗的规矩来压制西洋的先进的东西。在剷除鰲拜以后，康熙想实事求是地解决这一问题。于是，他一边派传教士南怀仁去推算比较两种历法，一边自己刻苦学习，了解了历法的大概。
经过研究和使用，杨光先的历法屡屡出错，因此，康熙废了旧历法，推行新历法，并以实事求是的态度来同大臣们讲明道理，较好地解决了新旧历法之争，也显示出了康熙认真求实的态度，为他进一步赢得了威信，。
第六部分：不是亡国之君的亡国之君崇祯
光照日月的康熙大帝(3)
平定三藩
康熙帝亲自执政后，大力整顿朝政，奖励生产，惩办贪污，使新建立的清王朝渐渐强盛起来。当时，南明政权虽然已经灭亡。但是南方有三个藩王却叫康熙帝十分担心。
这三个藩王本来是投降清朝的明军将领，一个是引清兵进关的吴三桂，另两个是尚可喜和耿仲明。因为他们帮助清朝消灭南明，镇压农民军，清王朝认为他们有功，封吴三桂为平西王，驻防云南、贵州；尚可喜为平南王，驻防广东；耿仲明为靖南王，驻防福建，合起来叫做“三藩”。
三藩占据要地，拥兵自重，成为清初的三个地方割据势力，其中以吴三桂实力最强，骄横不法。从顺治朝开始，军费开支浩大，每年入不敷出。以顺治十七年（1660年）为例，国家正赋收入银875万两，而云南一省就要支出银900多万两，竭全国之财力，尚不足一藩之需求。到了康熙初年，财政困难局面仍旧未见好转。国家钱粮，大半耗于三藩。三藩在自己的独立王国里，设立税卡，私行铸钱，圈占土地，掠卖人口。吴三桂还自行选派官员，称为“西选”，根本不把清朝廷放在眼里。
康熙帝知道要统一政令，三藩是很大的障碍。因此，他的态度极为明确，那就是坚决削藩，不能姑息养奸。不过，康熙也有自己的打算，他想，叛乱晚发生一天，就对自己有利一分，因为从年龄上讲，自己会一天天地长大，而吴三桂会一天天地老下去，自己会准备得越来越充分，而吴三桂则只会越来越不得人心。