此一战令上海人为之瞠目。以往驻守上海的官军和防守租界的洋兵，遇到太平军便望风而逃，勉强一战也都一败涂地，而这些安徽来的“大裤角蛮子兵”居然以3000战10万而胜，淮军的名声从此确立。此战对大清帝国而言更重要的意义在于：它扭转了东南战场上帝国军队屡战屡败的局面，使官兵和朝廷都看到了可能扭转战局的一线希望。
李鸿章以杀起义农民残酷无情而留下恶名。攻打捻军的时候，“击退援军十万，斩首两万”。攻入太平军占据的常州城之后，他把俘虏的太平军“护王”陈坤书绑在东门外凌迟处死，同时放纵官兵屠城，以至杀得满城死尸，“城破五十日仍无人收殓。”连常州城郊也在屠杀之列，屠杀的结果是“耕者万分无一”。攻克崑山之后，太平军被杀的官兵在3万人以上，尸体堆积在一条小河里，“积尸数尺，河水断流”，“千汊百港，漂尸浮油。”（《李文忠公全集·朋僚函稿》卷三，第26页。）国人指责淮军滥杀无辜，李鸿章听了“勃然大怒”，他在写给曾国藩的报告中称：“贼漏网盖少，惨劫亦快事也！”（《李文忠公全集·朋僚函稿》卷三，第16页。）
李鸿章更令人不齿的是狡诈失信。淮军包围苏州城，经过反覆的拉锯战之后，太平军“纳王”郜永宽通过原来是太平军而现在淮军中任职的一个军官提出向淮军投降，条件是他以杀太平军“慕王”且开城迎接淮军，而淮军不但不能杀他，帝国朝廷还要颁给他二品顶戴。淮军代表同意，李鸿章也表示同意。但是，当郜永宽把坚决不投降的“慕王”谭韶光骗杀且打开苏州城城门之后，带领淮军蜂拥入城的李鸿章却不但下令把刚献上“慕王”首级的郜永宽“立即正法”，而且对已经投降的近两万名太平军大开杀戒。此一事件引起举国轩然大波，不但平民们强烈反感，对李鸿章嫉恨在心的各级官员也乘机猛烈抨击，甚至洋人们也愤怒了。和李鸿章私人关系极其密切的英国将领戈登顿时翻了脸，发表了“最后通牒”，威胁说如果帝国政府不撤李鸿章的职并且将他交付审判，英国就用“强大兵力”强制帝国军队把攻克的城池交还给太平军。对于李鸿章来讲，这是一个困难的时刻，尽管朝廷对他占领苏州城大加赞赏，但是他还是面临着巨大的政治危机。沉默了几天之后，以冷酷残忍着称的李鸿章突然出现在祭弔郜永宽的现场，居然还落了几滴眼泪，尽管人们普遍认为他的眼泪是阴险的和别有用心的，但是他确实很“悲痛”地完成了所有的祭弔程序。
李鸿章坚决不按英国人的要求写认错书。他的话是：帝国的军政与外国人无干！
1864年7月19日，太平天国都城南京被曾国藩的湘军攻破，太平军急剧走向衰亡。
李鸿章和他的老师一起受到朝廷的重赏。
李鸿章被封为一等伯爵、肃毅侯，戴双眼花翎，接任江苏巡抚。
他成为名副其实的一方诸侯了。时年42岁。
李鸿章为之奋斗的“封侯”历程，自他以七品官出京时算起，用了11年。
36年后的1900年，夏，广州。早上下了一阵濛濛细雨，岭南的潮湿溽热更浓重了。刚刚从两广总督调任直隶总督兼北洋大臣的78岁的李鸿章在“天字”码头登上了招商局轮船公司专门为他准备的“平安”号轮船。他高而瘦，头上是一顶青缎小便帽，灰白色的辫子有些枯萎。中国式的鬍子长而柔软，一张满是老人斑的皱纹纵横的长脸上两颊深陷，使人看上去他总像是在怒气冲天。他没有穿官服，只着一件蓝布短衫。广东将军巡抚以下的官员站立两旁，看着这个颤巍巍的老人在贴身侍卫的搀扶下走过跳板，然后在甲板上的藤椅上坐了下来。所有的官员都静静地等候着他开船的命令。但他很久都没开口，只是闭着眼睛一动不动地坐着，仿佛睡着了。
1900年7月17日，一个重要的日子。
在热得大汗淋漓的官员们越发不敢出声的沉默时刻，南海知县裴景福上船了。他是一个与李鸿章既是同乡又私交甚密的官员。
裴景福首先祝贺李鸿章调任直隶总督：“外洋有电，诸领事皆额手称庆。”
李鸿章缓慢地睁开眼，一板一眼地说了四个字：“捨我其谁！”
这句颇具性格的话在以后的日子里被多方人士出于各种目的反覆引用。因为这是1900年危机四伏的大清帝国出现的第一句语惊四座的话。
裴景福乘机探听李鸿章对国事的态度，没想到李鸿章突然声音哽咽：“论吾国兵力，危急当在八九月之交，但聂功亭（士成）已阵亡，马（玉昆）、宋（庆）诸军零落，牵制必不得力。日本调兵最速，英国助之，恐七八月不保矣！”说着，他用手杖触着地，“内乱如何得止？如何得止？”当裴景福问到有什么办法可以让国家少受损失的时候，李鸿章已经是“泪流满面”了：“不能预料！惟有竭力磋磨，展缓年份，尚不知做得到否？吾尚有几年？一日和尚一日钟，钟不鸣，和尚亦死矣！”（《悔逸斋笔乘》之《李文忠轶事》。0
这副悲伤的情景让在场的官员刻骨铭心。他们从来没有见过这个帝国最着名的汉大臣当众毫不掩饰地表露如此悲观的情绪，即使在甲午之后他奉命和日本人艰难周旋的时候，也未见这个以倔强闻名的老大臣流露过丝毫苦郁之色。