航空总队编成
航空总队是直接担负防空作战任务的的空军第一线作战部队，下辖3个航空方面队、三个航空混成团以及警戒航空队等其他直辖部队。航空总队司令部下设总务部、防卫部、装备部。
航空方面队、航空混成团
北、中和西部航空方面队各辖2个战斗航空团、1—2个防空飞弹群、1个航空警戒管制团等；西南航空混成团辖1个战斗航空队、l个防空飞弹群、1个航空警戒管制队等。
战斗航空团
日本空军共有6个战斗航空团，分别隶属于各航空方面队。航空方面队建制内的战斗航空团主要装备有 f－ 15、 f一 4ej歼击机及 f— 1战斗支援机。
f—15是日本空军1980年从美国引进的性能先进的歼击机。1981年8月由日本自己组装的第1架f—15试飞成功。此后日空军有计划地为歼击机飞行队逐次换装f－15，至1990年初，已为6个飞行队换装了这种飞机。最终将装备187架，使8个歼击机飞行队装备该型机。
f—4e是美空军装备的一种歼击机，日本于70年代初引进后仿制，1972年正式装备部队。至1981年度，日本共生产140架。为提高f—4ej的性能，延长其寿命，从1987年度起对现装备的f－4ej进行改装，改装项目主要有：改进火控系统，提高俯视、俯射能力；装备国产空舰飞弹asm－l；重新加装引进时卸掉的轰炸计算机；改进导航、通信设备等。据称，通过改装，f－4e的使用寿命将从3000小时延长至5000小时以上，大约延寿10年。其截击战斗能力和对地攻击能力将赶上f－15。 f—l是日本自己研制的一种战斗支援机，为超音速教练机t－2的改进型。1972年开始试制，1977年正式装备部队。截至1991年3月共装备74架，完全取代f－86f。1989年，日美达成联合研制 fsx下一代战斗支援机（现已定型为 f— 2）的协议。新式战斗支援机将採用最新技术，在 f－ 16c的基础匕进行改进，既可用作对地攻击，又具备歼击机的性能。
防空飞弹群
防空飞弹群是日本国全防空力量的重要组成部分，现共有6个群。北部、中部航空方面队各辖2个群，西部航空方面队和西南航空混成团各辖1个群。防空飞弹群下辖1个指挥所运用队、l个维修补给队、3－4个飞弹发射队。“奈基”防空飞弹是1963年从美国引进的，后来日本将美国的既能装常规弹头、又能装核弹头的“奈基”正改装成只装常规弹头的“奈基”j，1971年度以后逐步换装这种“奈基”j型防空飞弹。由于“条基”j的战术技术性能逐渐落后于时代用本于1985年引进美国的“爱国者”防空飞弹进行仿制，1986年度开始为部队换装。这种飞弹可同时追踪和攻击多个目标，一个飞弹发射系统由1部an／mpq53相控阵雷达、l部射击指挥车、回部发电车、回部弹药车和飞弹发射架组成。
警戒航空队
1976年9月，苏军“米格一25”在日本北海道函馆机场强行着陆的事件，暴露出日本防空体系的弱点，从而促使日军有关当局认识到，发展预警机对加强和完善防空体系的必要性。1976年10月，日本决定引进美海军的e－zc预警机。1983年11月，曾在北部航空方面队编成由4架e－zc组成的临时警戒航空队。1986年4月，正式编成装备8架e－zc的警戒航空队，直属航空总队。该队由队部（编制约20人），第601飞行队（编制约130人），维修群（编制约200人）编成。警戒航空队装备的e－zc早期预警机载有可探测低空飞行目标的aps－125搜索雷达，探测半径370公里，alr－59被动式雷达和arc－158、arq－34数据处理系统。在其搜索监视范围内，可同时自动跟踪300多个目标，并可通过机载计算机自动处理目标情报，传送给地面防空警戒系统和歼击机。到90年代初期，空军将准备备 12架 e－ zc。
航空教育集团编成
航空教育集团是在1988年度末，日本空军编制体制改革中新组建的。它是以1959年成立的飞行教育集团为基础，将原由空军参谋部直辖的有关负责教育训练的部队和院校合编而成的，形成了一元化教育训练管理体系。新组建的航空教育集团下辖2个训练航空团、3个飞行教育团、5所技术学校以及干部候补生学校、航空教导队等。
第1训练航空团装备有t－33a和t—4教练机，负责最后阶段的基本驾驶教育和教官培训。第4训练航空团装备t－2超音速教练机，负责战斗机飞行员的驾驶教育。
飞行教育团主要负责培训中、初级飞机驾驶员。
航空支援集团编成
航空支援集团是1988年度末，空军进行编制体制改革时，将担任救护、空运、航空安全管制、航空气象及飞行点检等任务的部队合编而成的。它的主要任务是直接支援第一线作战部队——航空总队。装备的主要飞机有v—107a救护直升机、mu—2救护和飞行点验机、ch－47）运输直升机、c－1运输机、c－130h运输机、ys－11运输机和飞行点验机等6个机种共计100多架飞机。航空救护团下辖飞行群。维修群、救护教导队。其中飞行群下辖10个救护队，主要装备v－107、mu—2、ch—47）型飞机，l个直升机空运队，主要装备ch－47）型运输直升机。航空救护团的主要任务是，搜寻和救护发生事故的飞机的机组人员，负责实施与此有关的教育训练。此外还负责对海岛和边远地区雷达站的补给物资的空运以及协助地方抢险救灾和空运等。