随后，他开始着手统一台湾。明天启四年（1624年），荷兰人侵占台湾。1661年，民族英雄郑成功从荷兰人手中成功收复台湾后不久病逝。其子郑经继位，继续治理台湾，与大陆上的清王朝分庭抗礼。康熙帝多次招抚不成，便下决心武力解决台湾问题。
1681年郑经突然病故，他的儿子郑克塽继任王位，台湾内部发生内讧，康熙帝决定起用施琅攻台。施琅原为郑成功的得意爱将，后来背郑降清。1663年，康熙帝曾命其出任福建水师提督，征讨台湾。他两次出海，均遇颱风，无功而返。朝内一些大臣对他产生怀疑，但康熙帝力排众议，仍然对施琅委以军政全权。施琅于1683年取得海战大捷，台湾收归清朝。
康熙设台湾府，隶属于福建。台湾府下设三县——台湾县（今台南）、凤山县（今高雄）、诸罗县（今嘉义），派总兵官一员、率官兵八千，驻防台湾。从而加强了中央对台湾的管辖，促进了台湾经济文化的发展。
清王朝在中国的统治稳定下来了。但是，还有一点叫康熙帝不大放心，这就是怕有些明朝留下来的文人心里不服。于是，他採用了一个办法：开“博学鸿词科”，命令各地官员和朝廷大臣，把有学问的文人推荐给朝廷，马上封他做官。这一招果然很灵，不少全国着名的学者、文人应召到京城，做起官来了。
雅克萨的胜利
正在朝廷庆祝平定叛乱胜利的时候，在我国东北边境又传来沙皇俄国侵犯边境的消息，这就使康熙帝不得不把注意力放到北方边境上面去。
沙皇俄国是怎样侵略我国东北的呢？原来在明朝末年，清朝正忙着进关，把北方边境的防备放松了。沙皇俄国趁机向我国黑龙江地区进犯。他们在我国掠夺财物，杀害人民，遭到我国各族居民的反抗。清朝进关后，派兵打击沙俄侵略军，收复了被俄国占领的黑龙江北岸的雅克萨（在今黑龙江呼玛西北，漠河以东的黑龙江北岸）。
当康熙帝为了平定三藩，把大批兵力调到西南去的时候，有个俄国逃犯带了八十四名匪徒窜到我国雅克萨，在那里筑起堡垒，四出抢掠。他们把抢来的貂皮献给沙皇。沙皇不但赦免了逃犯的罪，还派他当了雅克萨长官，想永远霸占我国土地。
康熙帝刚刚平定了三藩之乱，听到东北边境遭到侵犯，怎么不气愤？为了弄清敌情，他亲自到盛京，一面派将军彭春、郎谈借打猎为名到边境侦察；一面要当地官员修造战船，建立城堡，准备征讨敌人。
康熙帝作好一切准备之后，派人送信给雅克萨的俄军头目，命令他趁早退出雅克萨，沙俄军不但不肯退出，反而向雅克萨增兵，跟清朝对抗。眼看和平解决已经不可能了，康熙帝就发布进军的命令。
1685年，康熙帝派彭春为都统，率领陆军水军一万五千人，浩浩荡荡开到雅克萨城下，把雅克萨围了起来。
沙俄军队经过几年的准备，把城堡修得十分牢固。彭春观察了地形之后，在城南筑起土山，让兵士站在土山上往城里放弩箭。城里的俄军以为清兵要在城南进攻，就把兵力拉到城南。哪儿知道清军却在城北隐蔽地方放了火炮，乘城北敌人防守空虚，突然轰起炮来。炮弹在城头呼啸着飞向城里，敌人的城楼被炮弹击中了，熊熊燃烧起来。
天色渐渐发白，清军又在城下堆起柴草，准备放火烧城。俄军头目这才吓慌了神，在城头上扯起白旗投降。
按照康熙帝的事前嘱咐，彭春把投降的俄军全部释放，勒令他们撤回本土。俄军头目托尔布津哭丧着脸，带着残兵败将走了。
俄军撤走后，彭春命令兵士把雅克萨城堡全部拆毁，让百姓耕种；接着，带着军队回到瑷珲城。但是，遭到惨败的俄军头目并没有死心，他们打听到清军撤出的消息，过了不久，又带兵熘回雅克萨，把城堡修筑得更加坚固。
边境的警报传到了北京，康熙帝决定把侵略军彻底消灭。第二年夏天，黑龙江将军萨布素再一次进军雅克萨。清军将士想到从他们手里放走的敌人又来了，恨不得马上把他们消灭。这一次，清军的炮火更加猛烈，俄兵几次出城反扑，都被清军打了回去。守城头目托尔布津中弹死去；留下一批侵略军不得不躲到处窖里，但是没几天，病的病，死的死，最后只剩下了一百五十个人。
沙俄政府慌忙派使者赶到北京，要求谈判。康熙帝这才下令停止攻城。
1689年，中国政府派出代表索额图，沙俄政府也派出戈洛文做代表，在尼布楚举行和谈，规定了中俄两国的东段边界，从法律上划定了以额尔古纳河、格尔毕齐河和外兴安岭为界，整个外兴安岭以南、黑龙江和乌苏里江流域（包括库页岛）都是中国的领土。这就是着名的《尼布楚条约》。这是中国历史上同外国签订的第一个平等条约，表明康熙帝独立自主外交的胜利。
第六部分：不是亡国之君的亡国之君崇祯
光照日月的康熙大帝(5)
三征噶尔丹
沙俄政府在雅克萨失败以后，并不甘心，就在尼布楚条约签订的第二年，又唆使准噶尔部（蒙古族的一支）的首领噶尔丹进攻漠北蒙古。
那时候，蒙古族分为漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古三个部分。除了漠南蒙古早已归属清朝外，其他两部也都臣服了清朝。准噶尔是漠西蒙古的一支，本来在伊犁一带过游牧生活。自从噶尔丹统治准噶尔部以后，他野心勃勃，先兼併了漠西蒙古的其他部落，又向东进攻漠北蒙古。漠北蒙古抵抗一阵失败了，几十万的漠北蒙古人逃到漠南，请求清朝政府保护。康熙帝派使者到噶尔丹那里，叫他把侵占的地方还给漠北蒙古。噶尔丹自以为有沙俄撑腰，十分骄横，不但不肯退兵，还以追击漠北蒙古为名，大举进犯漠南。