可怜那两位高贵的夫人，受刑后蓬头垢面，熬受了各种苦刑，结果还是屈打成招，只得说成是为了消除灾难，将定宗皇帝的皇后处以死刑。把失烈门的生身母亲，用毡毯裹起来，投进河流中处死。失烈门兄弟等人，全部加以降职的处分，把他们转移到摩多齐那里去囚禁起来，不准再居住和林城。
蒙哥汗为了斩草除根，连太宗皇帝的皇后乞里吉帖忽尼也不放过，命令迁出皇宫，居住在和林的西北郊区；凡是太宗皇帝的大老婆和小老婆的家庭资产，全部进行没收，重新分别赏赐给各位亲王，还派遣贝喇到察合台的所属地区，严厉地处治了违抗命令的各位大臣。
从此以后，太宗皇帝的子孙和拖雷的子孙，永远结成了仇恨，成为了仇敌，一个广阔无边的蒙古大帝国，这样就免不了，暗暗地开始分裂了。为以蒙古的未来前途埋下祸根。
我们现在再说忽必烈，他因为辅佐蒙哥汗立了大功，深得信任和重用，全权管理大漠以南的军政事务。在金莲川建立了首府，召集和任用苏门的隐居人士姚枢，河内的学者许衡，以及辉和尔部落的人廉希宪，研究和施行帝王治国的方法，体恤民情，休养生息。
京城里的农业事务委任姚枢办理；安慰和救济民众的事务委任廉希宪输，兴办学校的事务委任许衡输。他们三个人都是当时名流，时代的精英，他们非常感激忽必烈的知遇之恩，各自竭力施展才能，京城因此得到了很好的治理，社会风气大为改观。从某种程度上说，蒙古之所以能一统天，都与很好地治理京城的基础有关。
忽必烈是一个很不安分的人，一心想着攻城略地，命令兀良合台统领各路大军，分兵三路进攻大理国。
大理就是唐朝时期的南诏国，国王段智兴割据偏安一方，与中原素无来往，不通音信。到了遇到蒙古大军三路夹攻的时候，吓得手忙脚乱，惊慌失措，好不容易才召集到数千民兵，出城抵抗敌军，仓皇应战，被蒙古大军一扫而空，全军覆没。
国王段智兴见了更加惊恐和着急，踌躇彷徨，毫无对策，最后不得不脱光了衣服，手里牵着温顺的山羊，乖乖地走出城来，向蒙古大军乞求投降。
蒙古大军还分别攻占了鄯善和乌爨等部落，进入了吐蕃地区。吐蕃就是现在的西藏地区，唐朝时曾经和中国和亲，宋代以后也偶尔向朝廷进贡，那里民众的习俗都信仰佛教，尊敬和信仰喇嘛。“喇嘛”两个字，就是指高僧的意思，具有至高无上的意义。
佛教喇嘛的祖师名字叫做巴特玛撤巴巴，在唐玄宗在位的时期，从印度北方进入了吐蕃，提倡和传播喇嘛教，逐渐遍及整个吐蕃地区，后来喇嘛的势力，逐渐凌驾于王权之上。
蒙古军队进入吐蕃以后，犹如猛烈的旋风横扫大雪，攻无不克，所向无敌，蒙古军队一边作战，一边发布通告，凡是向蒙古军队投降的人免予处死，原来信仰的宗教，全部照旧，不予改变。蒙古军队也善于政治宣传，攻打和宣传，双管齐下。
吐蕃喇嘛扮底达，迎接了蒙古军队，兀良合台对他也以礼相待，非常尊重。扮底达把蒙古带领到了都城里，劝告部落首领唆火脱向蒙古军队投降。唆火脱，也记载为苏固图。唆火脱在不得已的情况下，也投降了蒙古军队。
当时忽必自己也作为在后面增援的军队，也指挥军队进入了吐蕃，会见了扮底达，对扮底达格外优待。
扮底达有一个家族侄子名叫拔思巴，也记载作帕思巴。刚好有十五岁，擅长诵读经文和咒语，聪颖智慧，忽必烈对他非常喜爱，命令他陪伴在身边。这时刚好遇到蒙哥汗传来命令召唤他回国，忽必烈命令兀良合台进军西南，自己携带着拔思巴向北凯旋归来，后来忽必烈当了皇帝，就拜拔思巴为皇帝的老师，共同研究学问，治理国家。
孛儿只斤.蒙哥，元宪宗。成吉思汗孙、托雷长子，蒙古族。1251－1259年在位。即位前曾参加长子军西征，活捉钦察首领八赤蛮，进攻俄罗斯等地。
1251年，被拔都拥立为大汗。即位后，以忙哥撒儿为断事官；以孛鲁合掌宣发号令、朝觐贡献及内外闻奏诸事；以海云掌佛教事；以道士李真常掌道教事；以帖哥、阔阔术等掌帑藏；孛兰合剌孙掌斡脱；阿忽察掌祭祀、医巫、卜筮；以只儿斡带掌传驿所需；以孛鲁合掌必赤写发宣诏及诸色目官职。
公元1253年蒙古军攻入大理，段兴智东逃善阐，高太样被斩。
公元1255年蒙古军平定云南全境，赦段兴智，封“摩河罗峻”。就管原八府。
平息窝阔台孙失烈门、脑忽、忽秃黑三王之乱，处决了坐诱诸王为乱者七十余人，把反对派的诸王、诸皇后分迁到各地，贵由的海迷失哈敦，皇后和失烈门的母亲合答合赤被处死。
针对窝阔台以来汗廷重臣和诸王贵族以权谋私情况，蒙哥大汗对中央政府的官吏规定了严格的纪律，禁止中央政府官吏勾结商人放高利贷，不准他们贪污受贿，也不允许他们直接逮捕人；既不允许官吏私设公堂，鱼肉百姓，又要求他们对了解到的案情及时上报大汗，将刑法大权收归中央政府和大汗。
为了加强法治，根除诸王、官吏特权，颁布诏书：凡朝廷及诸王滥发牌印、诏旨、宣令尽收之；诸王驰驿，只许乘三匹马，远行者不得超过四匹；诸王不得擅招民户；诸官属不得以朝觐为名赋敛民财；民粮远输者，许于近仓输之。