摩诃末之母秃儿罕可敦原居玉龙杰赤，在蒙古军兵临撤麻耳干，摩诃末退往阿姆河以南的时候，她也立即弃城出逃。但在出逃前，她没有任命城守，城内九万军队没有主将。


    1220年夏，从忽毡突围而出的名将帖木儿灭里来到这里，他整饬军队，并率乒出击蒙古军，夺回被朮赤军攻占的养吉干城，杀死蒙古驻守官员。这年年底，花剌子模新算端札兰丁在埋葬了父亲之后也来到玉龙杰赤，一时全城欢欣鼓舞，以为抗敌有望。


    但是玉龙杰赤的军队掌握在突厥、康里将领手里，他们素与札兰丁不和，又惧怕他的勇力，因此密谋杀害他。有人将密谋告诉了札兰丁，札兰丁势力单薄，无法在城内立足，于1221年2月离开玉龙杰赤前往呼罗珊，帖木儿灭里也带领三百骑士随他而去。


    一直居于城内的札兰丁之弟、前储王斡思刺黑算端和阿里算端害怕蒙古军的来进攻，也骑马追赶札兰丁，但在途中与蒙古军遭遇，全都被杀。这样，玉龙杰赤再次陷于混乱，众人推举秃儿罕可敦的族人忽马儿为统帅。


    成吉思汗把攻取玉龙杰赤的任务交给朮赤、察合台、窝阔台三个儿子，他率领“多得像沙漠里的沙子般的”军队向花刺子模旧都进发。蒙古军的先锋部队首先抵达，先由一小队骑兵在城外驱掠牲畜。


    玉龙杰赤城内军民看见，以为敌方只有这样一小股人马来示威，不过儿戏般地显示其傲慢而已。遂轻率地蜂拥出城追击。蒙古军飞快地骑马逃跑，逃远后又停下来回头张望，待追兵追近再策马奔逃。


    城民也不知这是蒙古军惯用的诱敌之什，仍然穷追不捨。突然，埋伏好的蒙古骑兵从隐蔽之处杀出，犹如恶狼扑向失去牧童的羊群，挥刀放箭，一直战到黄昏时分，杀死了一千多名花剌子模人。余众溃入城内，一支蒙古军也随之拥入，战至天黑才撤走。


    第二天，蒙古先锋部队进逼城池，城内一名叫弗里敦古里的大将率五百勇士守在城门，打退了蒙古军的进攻，这天的战斗一直进行到天黑以后。


    不久朮赤兄弟带领大军来到玉龙杰亦城下，他们绕城巡视，令军队环绕城的四周屯营，同时遣使入城，向城民招降，但是遭到了城民的拒绝。于是蒙古军加紧做攻城的准备。


    因为这一带没有石头，他们便砍伐大桑树，用桑木代替石头供投石机之用。按照惯例，他们每天又是许诺，又是威彻地向城民施加压力，有进双方也互相射箭。


    直到从各处调集的工程兵部队，“哈沙儿”队抵达，朮赤这才下达了填壕沟的命令，两天之内壕沟被填平，进攻的准备工作完成。


    玉龙杰赤攻坚战开始了，一声雷霆闪电般的吶喊，他们把投掷器和箭矢，像雹子一样倾泄出去。接着蒙古军涌到城前，把外垒的根基拆毁。


    玉龙杰赤统帅忽马儿目睹剽悍的蒙古军的凶猛进攻。吓得肝胆俱裂，他知道蒙古军必然获胜，而他束手无策，便擅自走下城头，离开了指挥的位置.在城民中引起一片纷扰和混乱。


    蒙古军的呼啸吶喊使大地轰鸣，他们很快就攻上了城头并在城头竖起一面大旗，众多的蒙古军涌入城中。


    面临被屠戮的厄运，城民们自动奋起抵抗，在所有的巷道和角落，与蒙古军展开殊死的搏斗，用刀剑、弓矢、旌旗显示抗争之爪，蒙古军用火油简焚烧屋舍，用弓弩和射石机聚歼百姓，使屋舍及其中的财物都化作一堆黄土；然而这些并未能使城民们放下武器，一场激战过去，蒙古军仍不能占领玉龙杰赤。


    蒙古军发现，王龙杰赤城内的生活用水完全依靠阿姆河，于是他们放弃火攻，派出三千勇士去夺取横跨河流的桥樑，以断绝城民的取水之路。


    城民也深知桥和阿姆河水关系到城市的命运，因此当蒙古兵进袭到桥中间时，城民突然冲出，将三千名蒙古兵包围，全部杀死。这个胜利，极大地提高了城民的斗志，他们的抵抗更加顽强了。


    七个月过去了，玉龙杰赤依然矗立在阿姆河两岸，在城市的四郊，蒙古军的尸骨堆积如山。蒙古未能很快攻取玉龙杰赤的原因，除了城民的英勇抵抗之外，还由于朮赤和察合台兄弟不和，号令不一，战争的胜败无人过问，军纪混乱。


    后来他们只好派人向成吉思汗报告这个消息，成吉思汗十分生气，他下令让足智多谋的窝阔台担任全军统帅。窝阔台受命之后，协调与诸兄的关系，重新组织攻城力量。使蒙古军齐心协力地投入战斗，当天就攻入下城内，再次与城民展开巷战。


    蒙古军每攻占一个街区，一座院落，就将其拆毁，付之一炬。城民节节防御，妇女和儿童也投入了战斗，经过十天的反覆争夺，蒙古军终于占领了整个城市。


    城民被赶到城外，蒙古人将其中的十余万工匠掠往东方，青年妇女和孩子掠作奴婢，剩下的人分给军队，每个军士得二十四人，全都杀死。蒙古军士有五万人，这样死于他们的刀剑下的人就有一百二十万。


    最后蒙古军决阿姆河堤，引水灌城。以往城市陷落，总有一些人因藏匿而免于屠戮，只有王龙杰赤免于兵者，尽数溺于阿姆河水中。从此，花剌子模，这斗士的中心，游女的汇集地。福运曾降临其门，鸾凤曾以它为巢，现在则变成豺狼的邸宅，枭鸢出没之处，彻底地毁灭了。